后,市上下派了一个干部到天河区当书记,云万里以唯一的一个没有“进去”也即没有进监狱的副书记到区政府担任区长。就这样好不容易当上正县级领导,但社会上还说这个正县级是云万里拣到的。当了天河区区长后,云万里可以说是一路顺利。市上下派的书记因为与省委一位领导是亲戚关系,到区上任书记只是一个过渡,是为了镀层金,因此,到区上任职不到两年时间,就被提拔到另外一个市当副市长去了,云万里作为区长也就顺理成章地当上了区委书记。由于天河区是石川市唯一的一个区,地位和县自然不同,云万里当书记一年多时间,遇到市上换届,又以区委书记的职务顺理成章地在换届时进了市委班子,担任市委常委、政法委书记。刚好在这个时候,中央提出了加强执政能力建设的五大任务,其中把构建社会主义和谐社会的能力,作为党的执政能力之一。之前,石川市因为企业改制积累了大量的社会矛盾,市委、市政府乃至人大、政协的办公大楼都基本上是三天一小围、五天一大围,再加上其他一些社会矛盾,石川市完全就是一个火药桶,稍有不慎可能就会引燃成为熊熊烈火。云万里是从基层一步一步干起来的,特别是对企业的情况比较熟悉,与企业职工打交道相对比较容易,对如何处理基层特别是企业的矛盾和问题,有比较丰富的经验。云万里担任市委常委、政法委书记后,首先对石川市存在的矛盾进行排查分类,弄清矛盾的基本症结,然后采取宣传引导、帮扶解困、教育警示、惩治打击等多项措施,初步化解了一些矛盾,特别是对企业改制后遗留下来的问题,组织工作组,以社区为单位,逐一宣传政策,针对下岗职工存在的困难,采取政策资金扶持、干部联户帮扶等办法,分别排除化解。云万里在石川第一个提出把全市所有的公益性岗位和所有能够社会化事务,都提供给下岗职工和困难群众,解决其无业可就、缺乏收入渠道的问题,同时提出在中央没有另外的政策之前,当地财政必须拿出钱来解决下岗职工的基本生活保障问题。对于一些不听教育、无端起哄的人,进行严肃的教育警示,累教重犯的,则采取必须的强制措施进行管教;对于那些造谣生事甚至聚众闹事的,则予以坚决打击。通过这一系列的工作,使石川市积聚的巨大社会矛盾得到了缓解,不少问题在缓解中得到了解决。石川之举,得到了省委和中央的充分肯定。之后,云万里又提出了建设“和谐石川”的工作目标,希望借已经取得的工作经验,特别是借得到省委和中央肯定的机会,进一步解决问题,化解矛盾。由于云万里在石川有突出的成绩,担任石川市委常委、政法委书记两年多一点时间,就被提拔为石川市委副书记,之后从石川市委副书记的岗位上提拔到宁秀担任市长。
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